Do Thánh thất xây dựng theo kiểu mẫu của Tòa Thánh Tây Ninh nên có đầy đủ những phần kiến trúc tổng thể của tôn giáo Cao Đài là: Hiệp Thiên Đài, Cửu Trùng Đài và Bát Quái Đài.

• Hiệp Thiên Đài:

Hiệp Thiên Đài của Thánh thất Sài Gòn gồm 2 lầu chuông, trống. Mỗi lầu cao 18m, gồm 5 tầng.Lầu chuông phía dưới có lắp ô thông gió, tạo hình chữ "CAO" bằng chữ Quốc ngữ và chữ Hán, trên đó có 4 chữ "Bạch Ngọc Chung Đài" bằng chữ Quốc ngữ, nhưng không được phép đắp hình Quyền Giáo tông Thượng Trung Nhựt như của Tòa Thánh Tây Ninh mà thay vào đó là hình mặt Trời đang tỏa sáng. Trong lầu có treo một cái chuông lớn gọi là Bạch Ngọc Chung. Đỉnh lầu dưới cột thu lôi có tạc hình cái hồ lô, tượng trưng bửu pháp của Lý Thiết Quả, được cho là tiền kiếp của Quyền Giáo tông Thượng Trung Nhựt.

Lầu trống phía dưới có lắp ô thông gió, tạo hình chữ "ĐÀI" bằng chữ Quốc ngữ và chữ Hán, trên đó có 4 chữ "Lôi Âm Cổ Đài" bằng chữ Quốc ngữ, nhưng không được phép đắp tượng Nữ Đầu sư Hương Thanh như của Tòa Thánh Tây Ninh mà thay vào đó là hình Mặt Trăng đang tỏa sáng. Trong lầu có treo một cái trống lớn gọi là Lôi Âm Cổ. Đỉnh lầu dưới cột thu lôi có tạc hình giỏ hoa lam là bửu pháp của Long Nữ, thị giả của Quan Thế Âm, được cho là tiền kiếp của Nữ Đầu sư Hương Thanh.

Khu vực lối vào chính, phía trước có đúc 4 cột trụ gọi là cột Long Hoa. Mỗi bên có hai cột song song, một đắp hình rồng đỏ (LONG), một đắp hình hoa sen (HOA), chạm trổ rất tinh vi, màu sắc rực rỡ, tượng trưng Đại hội Long Hoa, một giai đoạn chuyển kiếp tiến hóa của nhân loại. Để vào Đền Thánh, người ta phải bước qua năm bậc thềm, tượng trưng cho Ngũ Chi Đại Đạo và năm bước tiến hóa của nhân loại theo quan điểm của đạo Cao Đài: Người, Thần, Thánh, Tiên, Phật.

Phía giữa lối vào là một bức họa, trên đó vẽ một bàn tay từ trong mây đưa ra cầm một cán cân đặt trên quả địa cầu, gọi là hình tượng Cân Công Bình, tượng trưng cho công lý phán xét công tội của con người trước khi được chuyển kiếp tiến hóa. Phía bên phải lối vào là tượng ông Thiện, mình mặc giáp, đầu đội kim khôi, tay cầm đại đao nhưng gương mặt hiền từ, tượng trưng cho điều thiện (chánh tâm). Phía bên trái lối vào là tượng ông Ác, cũng mặc khôi giáp, nhưng gương mặt dữ dằn, một tay cầm búa, một tay cầm Ngọc ấn tỷ phù, tượng trưng cho điều Ác (vọng tâm).

Phía trên có một bao lơn xây hình bán nguyệt, một lá đạo kỳ thường được treo ngay giữa bao lơn, gồm 3 phần: phần màu vàng trên cùng, thêu 6 chữ Hán "Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ", phần giữa màu xanh thêu hình Thiên Nhãn và Cổ Pháp Tam Giáo (kinh Xuân Thu, cây Phất Chủ, bình Bát Vu), phần dưới màu đỏ để trống.

Trên cùng hết phía ngoài được đắp nổi biểu tượng Thiên Nhãn. Trên cao có tượng Phật Di Lặc ngồi trên lưng cọp và tòa sen. Biểu tượng con cọp tượng trưng năm Bính Dần (1926) là năm Khai Đạo Cao Đài.

Qua 5 bậc thềm của lối vào chính của Thánh thất là khu vực Tịnh Tâm Điện. Phía trước là bức tranh Tam Thánh Cao Đài đang ký Thiên Nhơn hòa ước, họa theo hình như của Tòa Thánh Tây Ninh.

Gian trong của Thánh thất gọi là Chánh điện phía sau bức tranh Tam Thánh Cao Đài, đối diện với bàn thờ Thượng đế là bàn thờ Hộ pháp vẽ hình chữ Khí bằng chữ Hán, chứ không đắp tượng Hộ pháp Phạm Công Tắc như ở Tòa Thánh Tây Ninh.

• Cửu Trùng Đài

Phần giữa Chánh điện là khu vực Cửu Trùng Đài, nối liền Hiệp Thiên Đài với Bát Quái Đài. Khu vực này có 6 cột trụ phân làm 2 bên, nhưng theo luật lịnh của Tòa Thánh Tây Ninh không được trang trí hình rồng như ở Tòa Thánh. Phía dưới mỗi cây cột được một đóa hoa sen lớn màu đỏ đỡ lấy. Nơi đây là nơi quỳ cúng của Chức sắc, chức việc và tín hữu.

• Bát Quái Đài

Khu vực Bát Quái Đài nằm phía cuối của Thánh thất. Gian này có 8 cột trụ rồng xếp thành Bát quái. Nhưng không làm quả Càn Khôn như Tòa Thánh Tây Ninh mà thay vào đó là một bàn thờ lớn có 8 bậc. Bậc thứ nhất là một hình Thiên Nhãn lớn tượng trưng Thượng đế, kế dưới là một ngọn đèn dầu gọi là đèn Thái Cực luôn luôn được thắp sáng không để cho tắt. Bậc thứ hai, là bài vị thờ 3 vị giáo chủ của 3 tôn giáo lớn là Đức Phật Thích Ca giáo chủ Phật giáo, Lão Tử giáo chủ Đạo giáo, Khổng tử giáo chủ Nho giáo. Ba bài vị đều viết bằng chữ Hán. Bậc thứ 3, thờ 3 vị là Quan Thế Âm Bồ tát, Đại tiên Lý Thái Bạch, Quan Thánh Đế Quân, ba vị này đại diện cho Tam giáo trong Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ theo giáo lý Cao Đài. Bậc thứ 4, thờ bài vị của Chúa Giê-su giáo chủ Kitô giáo tượng trưng Thánh Đạo. Bậc thứ 5, thờ Khương Tử Nha giáo chủ Thần đạo trong Ngũ Chi Đại Đạo. Bậc thứ 6, thứ 7 và bậc cuối cùng là nơi để các phẩm vật dâng cúng gồm: một bình hoa, một đĩa trái cây, ba ly rượu, một tách trà, một tách nước trắng, hai chân đèn và một lư hương lớn.